EncFS - свободная файловая система, основанная на FUSE.
Принцип работы на пользовательском уровне простой, есть два каталога: каталог1 и каталог2, пользователь помещает файл в каталог1, файл шифруется и в уже зашифрованном виде кладется в каталог2. Пользователь работает только с каталогом1, где файлы лежат в исходном виде, а каталог2 можно, например, синхронизировать через яндекс диск или dropbox без опасения, что владелец площадки сможет прочитать содержимое файлов.
В Fedora 25 для использования EncFS нужно установить пакет fuse-encfs. Для ввода пароля encfs позволяет использовать произвольную команду, можно хранить в файле и получать cat-ом пароль, я предпочитаю использовать keyring.